Bereich Bioinformatik: M.Sc. in Bioinformatik, Datenwissenschaft, Informatik, Biostatistik oder ähnlichem. Erfahrung in der computergestützten Biologie (Sequenzierung und Datenanalyse, Klassifizierungstools, Entwicklung von Pipelines in HPC-Umgebungen) Bereich Biologie: M.Sc. in Biologie, Biochemie, Bioengineering oder ähnlichem. Erfahrung in experimenteller Biologie (Gewebekultur, Molekularbiologie, Biochemie) Erfahrung in funktioneller Genomik (CRISPR-Perturbation) ist von Vorteil Allgemein: Starke intrinsische Motivation, wissenschaftliche Neugier, organisatorische Fähigkeiten und ein starkes Interesse am Kennenlernen neuer Technologien Gute Kommunikationsfähigkeiten in Englisch in Wort und Schrift Kollaborative und proaktive Arbeitsweise

Die Gruppe von Doktor Frank Dubois sucht zwei hochmotivierte Promovierende (in den Bereichen Bioinformatik und experimentelle Biologie), die untersuchen wollen, wie Krebszellen das 3D-Genom verändern, um die Genregulation für eine abnorme Expression von Onkogenen aus hochgradigen genomischen Amplifikationen zu missbrauchen. Der bioinformatische Teil des Projekts umfasst die Sequenzierung des gesamten Genoms und die epigenetische Analyse von mehreren hundert Tumorproben von Brust- und Lungenkrebspatientinnen/Lungenkrebspatienten. Im experimentellen biologischen Teil werden wir wiederkehrende onkogene Veränderungen des 3D-Genoms, die bei diesen Krebsarten beobachtet werden, mit CRISPR-basierten Ansätzen modellieren, um Kandidatinnen/Kandidaten für neue Krebstherapien zu entdecken. Im Bereich Bioinformatik: Analyse von Sequenzierungsdaten aus Short-Read- und Long-Read-WGS-, Methylierungs-, HiC-, ATAC-,ChIP- und RNAseq-Daten ausgehend von den Rohdaten/fastq-Dateien Identifizierung von signifikant wiederkehrenden genomischen Veränderungen in Kohorten von Tumorproben und Entwicklung dafür notwendiger Programme. Im Bereich Biologie: Isolierung und Aufbereitung von Patiententumorgewebe und Zelllinien für die multimikrobielle Sequenzierung Analyse und Interpretation von Variantenaufrufen aus WGS und epigenetische Analyse von Zelllinien sowie CRISPR-editierung von Zelllinien und Validierungsexperimente zum Zellwachstum und zur Expression von Onkogenen Zusammenarbeit mit den anderen Gruppenmitgliedern und Kooperationspartnern in Berlin und anderen Institutionen weltweit. Beiträge zu allen Ebenen der Forschung, an der Sie beteiligt sind, einschließlich Versuchsplanung, Datenanalyse und Visualisierung